Menghadapi permasalahan narkoba yang berkecenderugan terus meningkat, Pemerintah dan Dewan Perwakilan Rakyat Republik Indonesia (DPR-RI) mengesahkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1997 tentang Psikotropika dan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1997 tentang Narkotika. Berdasarkan kedua Undang-Undang tersebut, pemerintah kemudian membentuk Badan Koordinasi Narkotika Nasional (BKNN) melalui Keputusan Presiden Nomor 116 Tahun 1999. BKNN adalah suatu Badan Koordinasi penanggulangan Narkoba yang beranggotakan 25 Instansi Pemerintah.

Untuk tingkat Kabupaten / Kota dibentuklah juga lembaga yang diberi nama Badan Koordinasi Narkotika Daerah (BKND). Badan Koordinasi Narkotika Daerah (BKND) Kabupaten Bayumas dibentuk dengan peraturan Bupati Banyumas Nomor 45 Tahun 2001 dan beranggotakan Satuan Kerja Perangkat Daeah Kabupaten Banyumas.

Pada saat itu, BKND Secara Ex-Officio diketuai oleh Sekretaris Daerah Kabupaten Banyumas. Sampai tahun 2002 BKND tidak mempunyai personil dan alokasi anggaran sendiri. Anggaran BKND melekat pada satuan kerja perangkat daerah yang membidangi masalah narkoba, sehingga tidak dapat melaksanakan tugas dan fungsinya secara masksimal. Mengingat fungsi BKND sebagai lembaga koordinasi dirasakan kurang memadai untuk menghadapi ancaman bahaya Narkoba yang semakin serius, berdsarkan Keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2002 tentang Badan Narkotika Nasional, BKNN diganti dengan Badan Narkotika Nasional (BNN) BNN sebagai lembaga forum.

Pada tahun 2005 Pemerintah Kabupaten Banyumas mengganti lembaga BKND dengan lembaga Badan Narkotika Kabupaten Banyumas, yang waktu itu ditetapkan dengan peraturan Bupati Banyumas Nomor 300/498/2005 tanggal 14 Aparil 2005 tentang Pembentukan Badan Narkotika Kabupaten (BNK) Banyumas;

Badan Narkotika Kabupaten Banyumas beranggotakan Satuan Kerja Perangkat Daerah (SKPD) Kabupaten Banyumas sedangkan kepengurusan Satuan Tugas BNK Banyumas diambil dari perwakilan personil dari SKPD terkait. Operasionalisasi dan Administrasi BNK Banyumas dijalankan oleh sekretariat Pelaksana Harian BNK Banyumas yang berkedudukan di Jalan Masjid No. 23 Purwokerto dan penganggaran melekat pada Bagian Kesejahteraan Rakyat (Kesra) Sekretariat Daerah Kabupaten Banyumas.

Untuk menjalankan operasionalisasi kesekretariatan dibutuhkan tenaga fulltimer yang bertugas penuh waktu mengurusi kegiatan BNK Banyumas, seingga Pemerintah Kabupaten Banyumas melakukan suatu pembukaan lowongan untuk petugas tersebut. Seleksi tersebut terbuka untuk umum dengan dilakukan penilaian ketat berdasarkan kompetensi dan kemampuan meliputi kemampuna Teknik Informatika, Kecakapan Berbicara, Kemampuan Melakukan Penyuluhan dan Kemampuan pendukung lainnya. Dari hasil seleksi yang dilakukan terpilih seorang yang menjadi petugas untuk mengelola kegiatan  sehari-hari BNK Banyumas bernama Toni Riyamukti dan kepadanya diberikan kontrak kerja serta gaji dari anggaran Hibah Badan Narkotika Kabupaten Banyumas.

Pada tahun 2010 Kepengurusan BNK Banyumas diubah lagi dengan Peraturan Bupati Banyumas nomor 69 Tahun 2010 tentang Pembentukan Badan Narkotika Kabupaten Banyumas.

Sebelum BNNK Banyumas terbentuk pada awalnya di Kabupaten Banyumas dalam melaksanakan program P4GN dilakukan oleh BNK yang merupakan lembaga non struktural dan bukan SKPD. Kelembagaannya dibentuk dengan Peraturan Bupati Banyumas Nomor 69 Tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional Kabupaten Banyumas yang mendasarkan pada Peraturan Presiden RI Nomor 83 Tahun 2007.  Sedangkan operasionalnya dari sejak tahun 2008 sampai dengan 2014 diberikan anggaran melalui APBD Kabupaten Banyumas dalam bentuk kegiatan maupun hibah. Dalam Pasal 3 Peraturan Bupati Banyumas disebutkan bahwa BNK adalah lembaga non struktural yang berkedudukan  di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati.

Perjalanan panjang untuk bisa menjadi BNN Kabupaten melalui usulan kepada Pemerintah pusat dimulai sejak tahun 2011 dan saat itu belum diakomodasi karena Pemerintah Kabupaten Banyumas terlambat menyiapkan aparatur yang akan mengisi manakala terbentuk BNN Kabupaten, padahal sejak itu Kabupaten Banyumas termasuk Daerah yang rawan penyalahgunaan Narkoba (rangking 3 se Jawa Tengah).

Tahun 2013 Pemerintah Kabupaten Banyumas berupaya lagi mengusulkan Pembentukan Vertikalisasi menjadi BNN Kabupaten. Berbagai kajian akademis dan pertimbangan kerawanan maka Pemerintah Pusat melalui Menteri PAN dan RB menyetujui pembentukan 29 BNN Kabupaten/Kota di 27 Provinsi termasuk di dalamnya adalah Kabupaten Banyumas berdasarkan suratnya tertanggal 15 Juni 2015 Nomor : B/2018/M.PANRB/6/2015. Sejak itulah BNN Provinsi meminta agar Bupati Banyumas menyiapkan Calon Pejabat Struktural dan Pejabat Fungsional untuk diusulkan kepada BNN RI. Mempertimbangkan urgensi bahwa BNN Kabupaten harus terbentuk di Banyumas maka diusulkanlah 11 orang untuk mengisi jabatan baik struktural maupun fungsional.

Terhitung mulai tanggal 1 Agustus 2015 Kepala BNN RI menetapkan 11 orang yang diusulkan oleh Bupati Banyumas dan pada tanggal 30 Agustus 2015 dilakukan pelantikan dan pengambilan sumpah jabatan oleh Kepala BNN Provinsi Jawa Tengah. Sehingga sejak tanggal 1 September 2015 sampai dengan seterusnya Badan Narkotika Nasional Kabupaten Banyumas siap mengemban tugas dalam rangka pelakasanaan kebijakan di bidang P4GN dalam wilayah kerjanya.